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原子炉工学研究所は原子力エネルギーの将来のシステムを想定して、基盤となる課題、テーマを抽出し、それを横断的にとらえて研究していくことを使命としています。そのために、3つの大きな部門のもとで、核分裂、核融合などの原子力エネルギーの利用に際しての共通なエッセンシャルな現象を軸とした研究分野を抽出して研究を行なっています。